功能农业是继高产农业、绿色农业之后农业发展的第三阶段，强调的是在自然生长境中生长或通过多种技术手段，实现农副产品中一种或多种有益健康成分基于人类健康需求做出标准化优化的生产实践。

为贯彻2017年中央“一号文件”中关于“加强现代生物营养强化技术研究”、“深入推进农业供给侧结构性改革”的有关精神，助力我省农谷战略发展和功能农业研发，山西农业大学于2017年4月建成山西功能农业研究院，挂靠在农学院。聘请中国功能农业奠基人——中科院赵其国院士为名誉院长，中国功能农业领军人——中国科学技术大学尹雪斌教授为院长，山西农业大学农学院高志强教授为执行院长。校院合属改革后，为进一步推动功能农业发展，2022年9月许双花同志担任直属党支部书记，孙敏同志担任副院长。

研究院立足山西有机旱作农业，抢抓功能农业新兴机遇，打造功能农业特色品牌，推动功能农业人才培养、科技创新、社会服务三方面快速发展，加快构建功能农业政、产、学、研、用相结合的创新服务体系。研究院职能包括科学研究、学术交流、产业规划、专业培训、检验检测和行标制定。

2017年率先设立全国首个农学（功能农业方向）本科专业，引导硕士、博士研究生积极参与功能农业研发，为我国功能农业科技创新与产业发展提供新生力量。2018年承担了山西省重点研发计划重点项目“山西功能农业共性关键技术研究与示范”（经费总额2400万元）和山西农谷建设科研专项项目“山西省主要功能作物产业技术研究与示范”（经费总额600万元），主要围绕山西功能农业发展所面临的共性基础问题，进行环境、粮食、果蔬、畜产、食品加工等多角度，科学与创新并重的链条式研发，服务我省功能农业产业发展。2022年基于山西农业大学与阳泉市签署的“富硒产业战略合作框架协议”，研究院牵头组建“山西农业大学阳泉富硒产业研究院”。利用人才科技优势资源，开展土壤硒利用与富硒农产品质量及安全性方面的系统研究，提升富硒农产品精深加工技术，推动富硒农产品全产业链打造，为阳泉市富硒产业高质量发展提供科技支撑，助力阳泉农业走出一条高质量转型发展的新路子，促进山西农业大学服务地方经济社会发展再上新台阶。

目前，研究院拥有国家功能杂粮技术创新中心、黄土高原特色作物优质高效生产省部共建协同创新中心、功能农业重点实验室基础能力建设专项、功能农业山西省重点实验室、功能农业院士工作站、山西省功能农业工程中心、山西省特色小麦产业技术创新联盟、山西省服务产业创新功能农业学科群等多个国家级、省部级教学科研平台。为推动我省建成立足山西、面向全国的功能农业研发高地、农业科技创新高地和技术集成示范推广平台，为保障国家粮食安全作出新贡献。